Integrated Genome Browser

Przegląd oprogramowania

Zintegrowana przeglądarka genomu (IGB) jest programem typu open source służącym do przeglądania i eksplorowania dużych zestawów danych genomicznych. Możesz wyświetlać różne formaty danych, wchodzić w interakcje z danymi, tworzyć wykresy, zapisywać informacje w postaci obrazów i udostępniać dane współpracownikom.

IGB pozwala przeglądać dane z adnotacji i dopasowanych sekwencji. Program obsługuje różne formaty, takie jak FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband i GenBank. Możesz pobierać dane i przekształcać je w różne formy wykresów, w tym wykresy niedopasowania do wyróżniania różnic danych i wykresów głębokości w celu pokazania pokrycia. Możesz również wchodzić w interakcje z danymi dzięki animacjom powiększania i przesuwania IGB.

IGB umożliwia dostęp i ładowanie genomów z witryn QuickLoad, które są prostymi systemami katalogów, sekwencji i innych plików danych do celów wizualizacji. IGB zapewnia zaawansowaną funkcjonalność z obsługą wtyczek w celu dodania funkcjonalności i automatyzacji przepływu pracy za pomocą skryptów. IGB oferuje również zaawansowane funkcje udostępniania danych, niezależnie od tego, czy publikuje je jako wysokiej jakości zdjęcia w formacie JPEG, PNG lub SVG, czy też zapisuje dane w Dropbox, aby umożliwić swoim współpracownikom dostęp do projektu.

IGB to wykorzystywane głównie przez naukowców uniwersyteckich, biologów i bioinformatyków. Udostępnia zaawansowane narzędzia do otwierania różnych formatów danych genomu, wizualizowania danych jako różnych wykresów i udostępniania danych współpracownikom. Niestety, program opiera się na dotacjach na dalszy rozwój, co oznacza, że wsparcie dla aplikacji może zostać przerwane w dowolnym momencie. Jednak zintegrowana przeglądarka genomu nadal jest zdolnym, konfigurowalnym programem dla użytkowników chcących eksplorować i analizować swoje dane genomu.

Zaktualizowano: 29 czerwca 2016 r.

▶ Używane inne rozszerzenia plików Integrated Genome Browser 9