Struktura pliku R Markdown
Plik .Rmd składa się z trzech części:
- Nagłówek: Tekst na górze dokumentu, zapisany w formacie YAML.
- Sekcje Markdown: Tekst opisujący Twój przepływ pracy, napisany przy użyciu składni markdown.
- Kawałki kodu: Kawałki kodu R, które mogą być uruchomione, a także mogą być renderowane przy użyciu knitr do dokumentu wyjściowego.
Nagłówek YAML (strona tytułowa)
Plik R Markdown zawsze zaczyna się od nagłówka napisanego w składni YAML. Nagłówek ten nazywany jest czasem pierwszą częścią pliku (ang. front matter).
Istnieją cztery domyślne elementy w nagłówku RStudio YAML:
- title: Tytuł dokumentu. Uwaga, to nie jest to samo co nazwa pliku.
- author: Kto napisał dokument.
- date: Domyślnie jest to data utworzenia pliku.
- output:: W jakim formacie będzie wyjście (będziesz używał html).
Zauważ, że nagłówek YAML zaczyna się i kończy trzema kreskami ---. Zauważ również, że wartość dla każdego elementu, tytuł, autor, itp, jest w cudzysłowie "value-here" obok elementu. Nagłówek YAML może mieć inną strukturę w zależności od tego jak go używasz.
R Markdown Text i bloki Markdown
Drugą częścią dokumentu R Markdown jest sam markdown, który służy do dodawania dokumentacji do pliku (lub pisania raportu). Markdown poznasz w następnym tutorialu.
Jak utworzyć nowy plik R Markdown w RStudio
Aby utworzyć plik .Rmd, wykonaj następujące czynności:
- Utwórz nowy plik R Markdown i wybierz html jako pożądany format wyjściowy.
- Wpisz tytuł i nazwę autora (swoje imię i nazwisko). Następnie kliknij OK.
- Zapisz plik w następującym formacie:
FirstInitial-LastName-document-your-science/.Rmd UWAGA: Tytuł dokumentu nie jest tożsamy z nazwą pliku.
- W RStudio naciśnij przycisk rozwijany `Knit HTML`.
Jeśli wszystko poszło dobrze, powinieneś mieć wyjście w formacie html (strona internetowa) po naciśnięciu przycisku “knit”. Zauważ, że to wyjście html jest zbudowane z połączenia kodu i dokumentacji tekstowej, która została napisana przy użyciu składni markdown.
Jak utworzyć PDF z R Markdown
Aby stworzyć dokument PDF z R Markdown, określamy format wyjściowy pdf_document w metadanych YAML:
---
title: "Habits"
author: John Doe
date: March 22, 2005
output: pdf_document
---
W dokumentach R Markdown, które generują PDF, można używać surowego LaTeXa, a nawet definiować makra LaTeXowe.